@alecsandro O flash deveria estar intalado. Você pode veriricar os plugins instalados no seu Chromium/Chome entrando na seguinte url: chrome://plugins/
O Java é um caso a parte e não faz parte do nosso sistema. Quando uma aplicação que é empacotada para o Endless precisa do Java, ela mesmo deve distribuir o Java junto. Infelizmente por agora não temos um pacote pro app to IR.
Para player eu recomendo o VLC, já experimentou?