Te voy a comentar que ademas en mi desesperacion que no cargaban las llaves ejecute este comando no documentado:
sudo ostree remote gpg-import -k eos-ostree-keyring.gpg eos-sdk
ademas ejecute este que repara el repositorio:
rm -f eos-fix-ostree-repo
wget https://raw.githubusercontent.com/endlessm/eos-meta/master/eos-tech-support/eos-fix-ostree-repo
chmod +x eos-fix-ostree-repo
sudo ./eos-fix-ostree-repo && flatpak update -y
como viene documentado aca…