Na proxima atualização deveria ter a opção de instalar apps fora da loja
A partir da versão 3.0 o Endless OS passou a adotar o Flatpak, um novo sistema de distribuição de aplicativos para distros Linux
https://support.endlessm.com/hc/pt/articles/115001980483-O-que-é-o-Flatpak-
acho que isso limita o sistema, acredito que precisa permitir a instalação de aplicativos fora da loja. tem softwer que são necessários e não tem na loja.