Boa tarde Thomas.
Também sou novo usuário e tenho me dedicado bastante.
Pelo que entendi, parece que não é qualquer pacote que se extrai c o Endless.
O flatpak parece que trabalha apenas com empacotamento gzip, por isso, para usar os comandos do terminal, os programas tem que ser .tar.gz
(porém não consegui instalar nem o Adobe Reader com esse formato de empacotamento pelo terminal, oq me impediu de acessar documentos da Secretaria de Educação RJ para download).
O comando que funciona no terminal não é “sudo apt-get” e sim comando tar
Você vai encontrar uma lista de comandos tar, nas manpages do próprio terminal, digitando “man tar” e apertando “enter”. No endereço abaixo vc vai encontrar o manual GNU tar
http://www.gnu.org/software/tar/manual/tar.html#SEC36
Outra pena, é que não é possível instalar o Endless em dual boot com outra distro Linux, oq limita um pouco quem optou pelo Endless (já que tem um montão de dicas para usuários Ubuntu no youtube, por exemplo).
Espero ter ajudado.